第三十一集 与守卫兽的友情，博和也成为驯兽师了
与启人分开了的基尔兽等人。
突然所站的地方液体化，健太、博和、树莉、留姬、妖狐兽及基尔兽都跌下去，降落到一个小世界古事记。留姬他们的出现，令安杜路兽提高警戒。
怪蛙兽对每次安杜路兽坏了都得修理感到厌烦。
怪蛙兽运送着大木桶，可是内里放着的却是博和、健太、狮子兽、妖狐兽、基尔兽及及留姬。怪蛙兽在运送贡物给八头蛇兽时，狮子兽他们佷有气势的飞出来。八头蛇兽说喝酒再没比喝酒能变得强，它的强劲力量复活了。树莉后悔给八头蛇兽喝酒，得博和及守卫兽的鼓励，树莉尝试CARD SLASH，消灭了八头蛇兽。最后博和竟然成了守卫兽的驯兽师。
第三十二集 基尔兽诞生之秘，神秘的水底世界
启人他们到达了水中。在阳光刺眼的蓝天下，黑色外表的MIB也在。
启人他们怎么样也不能脱身。当看荧光幕时发现山木传来的E-Mail，写着“没事便最好了。祈望奋勇战斗”。在众人的父母面前山木出现，从计算机可看到启人传来的E-mail！向父母问好。Send E-mail的机器被水弄湿了竟也能动。这里的水根本不是真正的水。今次，潜入水中也没湿！成功了！ 被指导的出口在强行通过时竟有触电的感觉。一行人出了出口后好不容易才走到水之宇宙。在那里数码精灵不断轮流飞舞。相信该是阅览室的地方浮着一艘与巨大的D-Ark很相似的物体。在那里有一位不思义的男人．水野，开始说出一件不思议的事情……
第三十三集 小春也到数码世界了
小春因大耳兽的不在而感到寂寞。当在公园游玩时，落入了突然出现的地带。在那里有一只很大“兔子”的数码暴龙。另一方面，乘着交通工具在水世界移动的启人他们，大耳兽听到小春的声音。启人他们降落到数码世界。
镇宇对山木说了一段话：“我们已经没有了，创作那些可以自行进化的人工知能。那时我们充斥着幼稚的雄心壮志。不竟如何侵犯神的领域也是不该的，但是SHIBUMI却抱着不同的想法。”
“李先生，那是！”镇宇因山木的叫声而仰起头。
小春在滑梯顶。不过……那里出现了地带。在地带中的小春，在那深处的方舟的窗口中看见大耳兽……
第三十四集 温柔的勇者，狮子兽之死
启人与阿健他们从黑大耳兽口中得知了古乐兽该会在四圣兽的领域。启人说要往那里去，而阿健则心情不好。因为妹妹小春也在。在阿健踌躇时突然响起了一道爆炸声。在闪光与烟雾中响起了引擎的声音。正是堕天地狱兽。
变成究极体的堕天地狱兽，要实践与神将的约定，到来打倒基尔兽他们。音速兽拚命的攻击对堕天地狱兽来说就像蚊叮一样。然后那枪口对准着启人他们。启人用尽全身气力呼叫“基尔兽——”。启人的声音到达远处的大基尔兽，由那道光之柱传来的！大基尔兽毫不犹豫地跳进去了……
就在启人他们千钧一发间，大基尔兽他们赶到来了。不过，就连九尾狐兽及守卫兽的攻击也伤不到它。就在堕天地狱兽给予九尾狐兽致命一击时，狮子兽从后抓住它。因为教导堕天地狱兽的缘故，堕天地狱兽的爪无情地贯穿狮子兽的胸膛了。
因愤怒而忘我的启人为了进化，一道闪光突然出现，就像启人那巨大的分身，灭世龙兽出现了，不断地向堕天地狱兽攻击。
第三十五集 红莲骑士兽，真正的究极进化
大基尔兽进化成究极体了！不过，那巨大的猛兽模样，完全超乎启人的想象。全因狮子兽被杀，那愤怒而驱使的进化……这异常进化的究极体灭世龙兽，已经听不进启人的声音了。
那力量令大地裂开，附近一带也被波及，那力量竟凌驾于堕天地狱兽，它的存在就只是要不断进食。就连摩虎罗兽也感受到那场力量的冲突正威胁这个世界。就在从旁干涉时，竟被堕天地狱兽量子分解而被吸收了。
濒死的九尾狐兽为了阻止他们的战斗而进化成道士兽。不过也与音速兽一同被量子分解吸收。阿健运用机智使用“假身”卡，用分身替换而成功脱身，但完全体的力量被堕天地狱兽吸收了。不断吸收力量的堕天地狱兽因不能承受力量的反冲而开始暴走，竟压倒灭世龙兽。灭世龙兽被打败，启人很担心它，而堕天地狱兽无情的枪弹正要迫近他……
第三十六集 红莲骑士兽对决堕天地狱兽
基尔兽真正的究极体．红莲骑士兽诞生了！
那就是基尔兽与启人一体化后的骑士姿态。
红莲骑士兽脚蹴大地，向堕天地狱兽展开激战！！二头究极体炽烈的战斗展开了。
在这机会下，朱雀兽向招杜罗兽落下命令，把那个虽是神将，却成为了启人等人的同伴的黑大耳兽打倒。
还有独个儿，因地面的分裂而与大家分离在别的小岛上，心情郁郁不乐的树莉。
就连2大究极体那样炽热的激战，也不能映进眼帘……
阿健看见小春不断抽泣地紧握D-Ark。在启人及基尔兽之间，一道光落下，从光中出现了新的D-Ark。
第三十七集 对决朱雀兽，撒多格杜兽进化
从南大门起，无数拱形的门一直线伸延至遥远的彼方。启人他们留下博和、健太、守卫兽及小春，向朱雀兽的居所朱雀门前去。
感受到朱雀门内骇人的「愤怒」，基尔兽露出锐齿呻吟，九尾狐兽的毛全部竖起。伴着像大地震的振动，巨大的鸟型数码暴龙朱雀兽那巨大的身影出现了。它就是四圣兽．朱雀兽。它的庞大身躯令众人哑然。对于要取回古乐兽的启人他们来说，古乐兽本来就是这地方的东西。
转为启人攻击，但对巨大的朱雀兽而言却丝毫不动。相反朱雀兽的一击便把众人吹飞了。朱雀兽的业火，不仅数码暴龙，连留姬他们也一拼攻击。众数码暴龙以自身为盾坚决保护众小朋友。机械基尔兽及道士兽因受到损伤而站不起来，而音速兽也伤痕累累地勉强站起来强抗！
第三十八集 真正的敌人出动，四圣兽之战
撒多格杜兽的攻击也不行，赤红的光从瓦砾的山的内部向四方发放，朱雀兽以不死鸟的姿态再度出现。众人对于他的不死身哑口无言，但也得继续战斗。竭尽全力进化并再度出击，勉强地支撑着。不过已经再没有办法了。此时上空的厚云发光，雷像矛般飞射，并于某处落下。从云中出现的是，巨大的，非常巨大的青色的龙，四圣兽．青龙兽。
启人他们从青龙兽口中得知了一件震惊的事实……
－白虎门－
那是一个山水画的世界。机械龙兽抱着阿辽，飞跳到瀑布旁的岩石。机械龙兽感受到非常强大的气息，于是便向那里前去。那里有四圣兽的一员．玄武兽。玄武兽为四圣兽白虎兽而留守在这里。而机械龙兽所感受到的强烈气息并不是玄武兽，而是从背后的谷底所发出的。白虎兽该是在和什么东西进行炽烈的战斗。谷底好像有什么来路不明的东西开始行动。
第三十九集 飞舞的究极之光，萨古牙兽
真正敌人原来是消除数码暴龙的程序．帝厉魔(D-Reaper)。垃圾是理所当然的，但接着连数码暴龙也会被消去。四圣兽加强警戒。另一方面悲痛欲绝的树莉，始终没法忘掉失去狮子兽的悲伤。启人他们对于如何与帝厉魔(D-Reaper)战斗感到苦恼。帝厉魔(D-Reaper)为了得到进化的力量而侵略数码世界，那力量之源就是古乐兽！要快些拯救古乐兽才行！那里已经有人乘着数码暴龙来了。他就是乘着机械龙兽的秋山辽。
第四十集 进化之光，爆裂进化
启人他们得到四圣兽强力的帮助，终于救出古乐兽！！不过，帝厉魔(D-Reaper)的泡刮到空中，众人再次笼罩在紧张之中。真正敌人全力攻进来了。
下定决心的四圣兽围着古乐兽的四周，古乐兽的身体也急速上升。然后古乐兽进入暝想，它额上的三角标记开始发出金色的光辉！！接着很多数码精灵从四周集结，化成光之女神的姿态，把古乐兽抱于胸中。光辉不断增强，在女神腕中的古乐兽要变回本来的姿态……。
另一方面在新宿，山木他们利用Hypnos想把启人他们送返现实世界，一直在准备。山木发E-mail至启人的掌上型机械，叫他们乘坐Ark(方舟)返回现实世界。若然找到Ark的光之轨道的落点，启人他们便能返回现实世界了。
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