1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水,美国则遇到有史以来最寒冷的冬天日本则突降大雪。
11岁的少年八神太一和他的六个朋友一起参加了夏令营，却奇怪的被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。这些孩子被认为是数字世界的未来，他们与数码宝贝们一起要解开控制这个可怕的数码世界之谜。当他们踏上这个伟大的征程时，因特网成了他们的战场。
进入数码世界的八神太一他们遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前。随着故事的发展，渐渐地数码宝贝变得更加强大，而小朋友们也开始明白友情的重要。
通过无数的努力和巨大的牺牲,孩子们终于战胜了极恶魔王,取得了胜利,坐公交车，返回地球。
数年后,数码世界又发生混乱,孩子们应招出动。
数码宝贝(又称：数码暴龙，日文: デジモン,罗马字： dejimon)最初是由日本Bandai公司在1996年创造的一种战斗数码宠物。就在此时，此公司发布了一种名叫"C'mon Digimon"的漫画，但很快失败了。然而，它提出的这种概念使"V-Tamer"(一系列在V-Jump杂志上的连载漫画，开始于1998年，并连载到2004年)取得了很大的成功。
数码宝贝(Digimon)是"Digital Monsters"。依照故事情节，他们是居住在数码世界(一个平行宇宙，部分上是地球上网络的一种表现)的生物。故事关于一群儿童(在动画中被称作“被选召的孩子”("Chosen Children" or DigiDestined))，他们与特定的数码宝贝(为保护他们(和我们的世界)免遭各种邪恶力量破坏而产生)在一起。为了使他们克服各种困难的障碍，数码宝贝具有进化的能力(Digivolve)。在这个过程中，数码宝贝会改变他们的外貌和性格，变得更强。与数码宝贝有关的那一群孩子在每季中都会变化。
到2008年为止，数码宝贝已推出了五季。前两季的故事情节是紧密相连的，但后三季(分别称为驯兽师(DIGIMON Tamers)和无限地带(DIGIMON Frontier)拯救者(DIGIMON Svaers)的剧情是与前两季完全无关的。
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